グラフ可視化ツール Graphviz

Graphviz は DOT 言語を用いてグラフを表現する．GIF や PNG などのファイルフォーマットに変換してくれるところが嬉しい．
Windows版を使ってみたところ，edge の太さを変更することは可能だが，その際に使える値は solid（デフォルト）, dashed, dotted, bold, invis (=invisible) がある．エッジを太くするには bold を使うくらいしか手がなさそう．
(解説 ・・・ http://homepage3.nifty.com/kaku-chan/graphviz/index.html)

グラフ可視化ツール JUNG (Java Universal Network/Graph Framework)

解説や利用例が以下に掲載されている．


また，edu.uci.ics.jung.io.GraphMLFile にあるように GrapML も読み込めるようだ．

JUNG のインストール

ファイルの取得

jung-1.7.6.zip
commons-collections-3.2.zip
colt-1.2.0.zip
Xerces-J-bin.2.8.1.zip

zipファイルの展開

$ unzip jung-1.7.6.zip -d jung-1.7.6
$ unzip commons-collections-3.2.zip
$ unzip colt-1.2.0.zip
$ unzip Xerces-J-bin.2.8.1.zip

/usr/local/jung/ へのインストール

$ sudo mkdir /usr/local/jung
$ sudo cp -p jung-1.7.6/lib/jung-1.7.6.jar /usr/local/jung
$ sudo cp -p commons-collections-3.2/*.jar /usr/local/jung
$ sudo cp -p colt/lib/*.jar /usr/local/jung
$ sudo cp -p xerces-2_8_1/*.jar /usr/local/jung
$ sudo chown -R root.root /usr/local/jung

サンプルプログラムのコンパイル ＆ 実行

File Not Found | TECHSCORE(テックスコア) から JungSample.java を持ってきてコンパイル ＆ 実行．

$ javac -cp /usr/local/jung/jung-1.7.6.jar JungSample.java
$ java -cp /usr/local/jung/*:. JungSample

Jungで相関行列のグラフ化に掲載されている例を使うと，以下の感じのグラフができる．リンクの強さをエッジの太さに写像したいから，とりあえず要求を満たせそう．
f:id:ymuto109:20090707234130p:image